Consiste en medidas tendientes a controlar microorganismos, como gérmenes, algas, hongos, bacterias y virus del medio ambiente, capaces de transmitir enfermedades como el coronavirus, virus del herpes, viruela, influenza, papera y hepatitis contagiosa. La desinfección bacteriológica es un complemento fundamental al control de plagas, ya que permite eliminar y prevenir la generación de focos infecciosos, inhibiendo la propagación de estas enfermedades infecto-contagiosas, muchas de ellas derivadas de la contaminación producida por plagas urbanas (insectos y roedores), como herpes simplex, staphilococcus aureus, salmonella, streptococcus fecalis, vibrio cholerae.
Los tratamientos se realizan con agentes químicos de amplio espectro, cuyo ingrediente activo generalmente es el cloruro de benzalconio (sales de amonio cuaternario), especialmente recomendado para el COVID-19. De este modo, las desinfecciones resultan inofensivas para el ser humano, no manchan ni alteran casi ningún material, no poseen olor, sirven como desodorizante porque destruyen las bacterias que causan el mal olor y además poseen un excelente poder de penetración.
Las aplicaciones pueden ser espaciales, que se realizan con equipos de ultra bajo volumen (ULV), o superficiales que se realizan con pulverizadores.